Po své aktivní kariéře se vydal v roce 2000 trenérskou cestou, ale setrval stále ve Španělsku. Vedl týmy jako je Levante, Malaga, Getafe, největšího úspěchu se jako trenér dočkal se slavným Realem Madrid, se kterým v roce 2008 vyhrál španělskou La Ligu a poté i španělský superpohár. Jeho doposud poslední trenérská štace byla v roce 2019 v čínském Dalian Yifang. V současné době pracuje jako analytik pro několik španělských portálů.
Dnes již třiašedesátiletý Bernd byl v rozhovoru pro Mundo Deportivo dotázán, zda by se chtěl k trénování ještě někdy vrátit. „Samozřejmě. Čekám, a chci správně využít čas. Cítím se připraven trénovat. Cítím se dobře, velmi pohodlně. Poslední rok v Číně byl velmi těžký. Teď čekám, jestli se naskytnou nějaké zajímavé možnosti," nechal se slyšet zkušený německý kouč.
Blonďatý anděl, jak ho fanoušci za jeho aktivní hráčské kariéry přezdívali, také přiznal, že by jednou rád vedl Barcelonu. Zatím ale nikdy nabídku nedostal.